De acuerdo a la Estructura Orgánica del Municipio de Popayán (Decreto 121 de 2001) a la Secretaría de Educación Municipal le corresponde el desarrollo de las siguientes funciones:

• Fijar las políticas relacionadas con la educación, velar por el cumplimiento de los términos y condiciones establecidos para su aplicación.
• Planear, dirigir, coordinar y controlar el cumplimiento de las funciones asignadas  a la Secretaría y al personal a su cargo, y garantizar la correcta aplicación de las normas y de los procedimientos vigentes en concordancia con los planes de desarrollo y las políticas trazadas.
• Orientar la ejecución de programas y proyectos educativos institucionales y asesorar a los establecimientos educativos en el desarrollo de programas de desarrollo institucional pedagógico.
• Dirigir la elaboración, ejecución y evaluación del Plan Municipal de Desarrollo Educativo.
• Coordinar la inspección, vigilancia y la supervisión de los servicios educativos estatales y privados de educación preescolar, básica primaria, secundaria y media.
• Gestionar la financiación de las inversiones en infraestructura, dotación y mantenimiento educativo.
• Administrar el personal del sector educativo conforme a la ley y coordinar programas de capacitación, actualización y formación permanente del mismo.
• Organizar, vigilar y evaluar el servicio educativo estatal de acuerdo con las prescripciones legales y reglamentarias sobre la materia.
• Fomentar la investigación, innovación y desarrollo de currículos, métodos y medios  pedagógicos.
• Aprobar la creación y funcionamiento de las instituciones de educación formal y no formal dentro del municipio.
• Recolectar, procesar, analizar y reportar la información del sector educativo.
• Adelantar las gestiones necesarias para asegurar el oportuno cumplimiento de los planes, programas y proyectos de la Secretaría y adoptar sistemas o canales de información para la ejecución y seguimiento de los mismos.
• Proponer ajustes a la organización interna, funcionamiento y demás disposiciones que regulan los procedimientos y trámites administrativos internos de la Secretaría.
• Representar al Municipio por delegación del Alcalde en reuniones relacionadas con asuntos de competencia del Municipio o de la Secretaría a su cargo.
• Asistir a las reuniones de los consejos, juntas, comités y demás cuerpos en que tenga asiento el Municipio y para lo cual haya sido delegado o efectuar las delegaciones pertinentes.
• Orientar a la administración municipal, en la adecuada aplicación de las normas y procedimientos que se relacionen con el ámbito de su competencia.
• Asistir al Alcalde en la atención de quejas, reclamos y demandas de la ciudadanía.
• Participar en la ejecución de los programas y proyectos que integren un plan coordinado por otra Secretaría o dependencia.
• Preparar los proyectos de actos administrativos sobre las áreas propias de su competencia.
• Elaborar y presentar ante la instancia respectiva las solicitudes de requerimientos de recursos físicos, materiales, financieros y de factor humano necesarios para la ejecución de los planes, programas y proyectos que desarrolle la Secretaría y administrar correctamente los que le sean asignados para el cumplimiento de sus funciones.
• Garantizar la aplicación de estrategias y métodos de control interno, conforme a lo dispuesto por la Ley y demás normas vigentes con el fin de promover la eficiencia y eficacia en el desarrollo de las funciones de la Secretaría.
• Rendir ante la autoridad competente o ante quien lo solicite, informes acerca de las actividades desarrolladas y resultados obtenidos en la Secretaría a su cargo.
• Desempeñar las demás funciones que en el marco de la naturaleza del cargo se deriven de los planes, programas o proyectos de la dependencia y que le sean asignadas por autoridad competente.
• Responder por los bienes asignados en el A22 y en caso de retiro hacer la correspondiente entrega en la oficina de Recursos Físicos para su descargue en el A23.
• Responder por la adecuada conservación, organización, uso y manejo de los documentos y archivos que se deriven del ejercicio de sus funciones.
• En caso de ser trasladado o desvinculado de la Administración Municipal según sea el caso recibir o entregar los documentos y archivos debidamente inventariados de acuerdo con las Tablas de Retención documental que apliquen para la Secretaria u oficina con el objeto de garantizar la continuidad de la Gestión Pública.