De acuerdo a la Estructura Orgánica del Municipio de Popayán (Decreto 121 de 2001) a la Secretaría General le corresponde el desarrollo de las siguientes funciones:

• Elaborar los estudios técnicos sobre los aspectos organizacionales, de personal y recursos físicos con el fin de formular las políticas de modernización institucional, racionalización administrativa, mejoramiento de procesos y procedimientos, desarrollo del personal y gestión de recursos físicos.
• Planear, organizar y controlar la gestión del factor humano de la administración municipal mediante el desarrollo de las actividades de vinculación, capacitación, salud ocupacional, bienestar social, remuneración salarial y prestacional, aplicación de normas disciplinarias y evaluación de los servidores públicos son el fin de lograr un desempeño adecuado de las funciones, un desarrollo integral del personal y un clima organizacional favorable.
• Administrar los recursos físicos de la administración municipal mediante la gestión racional de compras, la oportunidad de los suministros, el registro y la seguridad del almacén y la actualización permanente de los inventarios de acuerdo a los procedimientos legales establecidos con el fin de garantizar el uso óptimo de los mismos.
• Planear, organizar y controlar la prestación de los servicios de aseo, transporte, vigilancia de inmuebles, mantenimiento de equipos y vehículos, además de los servicios generales requeridos para el desarrollo de los planes y programas de la administración municipal con el fin de garantizar su adecuada, eficiente y oportuna prestación.
• Coordinar el sistema de información institucional de la administración municipal mediante la organización, administración, preservación y control de la correspondencia interna y externa y el archivo documental de acuerdo a las normas técnicas existentes, utilizando tecnologías de microfilmación con el fin de garantizar la consulta ágil y la conservación de la memoria institucional.