De acuerdo a la Estructura Orgánica del Municipio de Popayán (Decreto 121 de 2001) a la Secretaría de Hacienda Municipal le corresponde el desarrollo de las siguientes funciones:

• Elaborar estudios técnicos sobre las finanzas municipales con el fin de determinar las políticas tributarias de endeudamiento, racionalización de gasto, fortalecimiento fiscal, inversión y optimización de la información financiera de acuerdo al análisis de la situación fiscal del municipio.
• Coordinar los procesos de elaboración, modificación, ejecución, registro, presentación de informes y control del presupuesto general del municipio, de conformidad con las normas orgánicas del presupuesto.
• Elaborar, implementar y evaluar el Programa Anual Mensualizado de caja PAC con el fin de programar los gastos según el flujo de ingresos de la administración.
• Diseñar, aplicar y evaluar estrategias de fortalecimiento fiscal con el fin de incrementar el recaudo de los ingresos propios del municipio.
• Gestionar las rentas del municipio mediante la actualización de la información sobre hechos generadores, sujetos pasivos, bases gravables y tarifas de impuestos, tasas y contribuciones; el desarrollo de los procesos de aforo, liquidación y facturación; la celebración de compromisos de pago, la presentación de informes del estado de las obligaciones y cartera del municipio y el ejercicio de la jurisdicción coactiva.
• Diseñar procedimientos y controles para el recaudo de los ingresos por concepto de las tasas por utilización de los bienes del municipio como plazas de mercado, de ferias y matadero.
• Recaudar todos los ingresos del municipio y de terceros, registrarlos, garantizar su seguridad y presentar informes a las autoridades de control que los soliciten.
• Efectuar y registrar el pago de todas las obligaciones del municipio y presentar los informes respectivos a las entidades de control fiscal.
• Efectuar el cálculo de la capacidad de endeudamiento de acuerdo a la capacidad de pago del municipio y realizar las proyecciones de la deuda pública.
• Registrar contablemente las operaciones financieras del municipio y presentar los estados financieros y de la situación económica ante las autoridades competentes de acuerdo a las normas de la contabilidad pública.
• Las demás que en el marco de su misión se deriven de planes, programas y proyectos del municipio o le sean asignadas por norma o autoridad competente de acuerdo con el carácter de sus funciones.