De acuerdo a la Estructura Orgánica del Municipio de Popayán (Decreto 121 de 2001) a la Secretaría de Tránsito y Transporte Municipal le corresponde el desarrollo de las siguientes funciones:

• Formular, ejecutar y evaluar políticas y acciones para la planeación, organización y control del tránsito y el transporte en la jurisdicción del municipio.
• Elaborar los estudios, diseños y proyectos sobre el tránsito y el transporte municipal con el fin de determinar las normas de tránsito, obras de infraestructura, señalización, semaforización y campañas de educación vial necesarias para garantizar una adecuada movilización de los vehículos y personas.
• Planear, organizar, dirigir y controlar el tránsito municipal de vehículos y personas y la actividad transportadora en la jurisdicción del municipio.
• Cumplir, hacer cumplir e imponer multas y sanciones por violación a las disposiciones del Código Nacional de Tránsito Terrestre, Estatuto Nacional de Transporte Público Colectivo Municipal, Estatuto para el servicio público de transporte municipal de vehículos tipo automóvil o taxi y demás disposiciones sobre la materia.
• Expedir y coordinar la aplicación de normas sobre el uso, sentido, utilización de carriles, velocidad, señalización y semaforización de vías y sobre zonas de estacionamiento, cargue y descargue, vías peatonales, paraderos de buses y terminales de carga y pasajeros.
• Realizar campañas masivas o personalizadas de educación vial con el fin de informar a conductores, peatones y agentes de control acerca de las medidas preventivas y normas de tránsito que garanticen la seguridad vial.
• Establecer y ejecutar políticas y programas para controlar y mitigar el impacto de la contaminación por emisión de gases y ruido generados por el tránsito automotor.
• Planear, organizar y controlar el tránsito y transporte público mediante la regulación de las empresas de transporte público, organización de la prestación del servicio, y el control del estado de los vehículos y el cumplimiento de las normas que rigen la materia.
• Otorgar, modificar, cancelar y revalidar toda clase de licencias de conducción y permisos provisionales para conducir de acuerdo con los procedimientos y requisitos consagrados en el Código Nacional de Tránsito.
• Otorgar y cancelar permisos de funcionamiento a los talleres de mecánica automotriz, parqueaderos, estaciones de servicio automotriz y empresas de transporte que operen en la jurisdicción del municipio
• Registrar, expedir y modificar la licencia de tránsito de vehículos por matricula inicial, cambios en la propiedad o en las características físicas del vehículo.
• Expedir, modificar y cancelar licencias de tránsito a bicicletas y similares, vehículos agrícolas e industriales y vehículos de impulsión humana o tracción animal que operen en la jurisdicción del municipio.
• Registrar, actualizar, informar y controlar la información sobre el estado de las cuentas por concepto de multas e impuestos de los vehículos matriculados y practicar revisiones periódicas y especiales a los vehículos que tengan inscritos o radicados.
• Asesorar en materia legal y técnica los procesos relacionados con el sistema de tránsito y transporte del municipio.
• Coordinar con las entidades del sector los planes, programas y proyectos de tránsito y transporte que deban adoptarse en el territorio municipal.
• Las demás que en el marco de su misión se deriven de planes, programas y proyectos del municipio, o le sean asignadas por norma o autoridad competente de acuerdo con el carácter de sus funciones.