Popayán se asienta en dos zonas de vida a saber bosque andino y sub andino por lo que su biodiversidad es bastante amplia.

La ciudad es atravesada por el Río Cauca, a lo largo de más de 10 km de urbe alcanzando a tener 40 m de ancho en promedio. El río sale del Municipio de Popayán recibiendo por el lado izquierdo al afluente rio Hondo poco antes de recibir los ríos Palacé (costado derecho) y Sucio (lado izquierdo).

También entran en la ciudad los ríos Molino y Ejido además y de una gran cantidad de quebradas.

Principales Cuencas y micro cuencas: El municipio de Popayán cuenta con la gran cuenca del río Cauca y las subcuencas de los ríos Piedras y Molino que surten de agua al Acueducto Municipal.

El ecosistema de Popayán está considerado como un reservorio estratégico conformado por 13 micro cuencas, humedales y manantiales, su regulación hídrica tiene influencia sobre la única zona de Páramo del Municipio de Popayán.

El gorrión común (Passer domesticus) es una de las especies de aves más comunes en Popayán. Foto: José María Arboleda C.

Características ambientales del municipio de Popayán

• Aves: La meseta de Popayán alberga una gran cantidad de aves de variados colores y formas. Al menos 70 especies se pueden observar en el corredor entre Popayán y Timbío. Algunas son migratorias y otras habitan el área. (www.avesencolombia.com).

• Mamíferos: Se presenta información sobre 60 especies de mamíferos registradas para el municipio de Popayán (Boletín Científico Centro de Museos Museo de Historia Natural, 2008).

• Insectos: presentan una gran diversidad, en especial los lepidópteros (mariposas y polillas), los himenópteros (hormigas, abejas y avispas), los coleópteros (escarabajos), homópteros (grillos y saltamontes). 

• Especies vegetales: las especies más comunes son el roble que se ha convertido en el árbol símbolo de la ciudad, cucharo, cascarillo y de unos años para acá los guayacanes amarillo y lilas le han dado identidad a las principales calles y avenidas de la ciudad.